Dr. Abraham Marcelino Vidal Limón

SNI Nivel I

Investigador Titular “A”

Tel. (228)842-1800 ext. 3607

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Líneas de investigación

Las principales líneas de investigación en las que trabaja el Dr. Vidal son modelado molecular y cálculo de propiedades fisicoquímicas de biomoléculas (proteínas y enzimas, ácidos nucleicos, lípidos, metabolitos secundarios, etc.) mediante métodos de química computacional.

 

Formación Académica

  • Licenciatura (Biología). Facultad de Ciencias, UNAM. (2007).
  • Doctorado (Ciencias Bioquímicas). Instituto de Biotecnología, UNAM. (2014).

 

Experiencia profesional

  • Investigador Titular A, Instituto de Ecología A.C. Xalapa, Veracruz, México.
  • Investigador Posdoctoral, Instituto de Energías Renovables. UNAM, Morelos, México.
  • (2020-2021).
  • Investigador Posdoctoral, Centro de Nanociencias y Nanotecnología. UNAM, Baja California. México. (2019-2020).
  • Investigador Posdoctoral, Centro de Nanociencias y Nanotecnología. DGAPA-UNAM. Ensenada, Baja California, México. (2017-2019).
  • Investigador Posdoctoral, Instituto Potosino de Investigación Científica y Tecnológica, A.C, IPICyT. CONACYT. San Luis Potosí, México. (2017-2017).
  • Profesor de Asignatura, Escuela de Laudería. Instituto Nacional de Bellas Artes y Literatura, INBAL. Querétaro, México. (2015).
  • Investigador Posdoctoral, Universidad Veracruzana, LATEX-UV. Veracruz, México. (2014).

 

Producción científica

  • Artículos 17
  • Artículos de divulgación 1
  • Capítulos de libro 2
  • Desarrollos tecnológicos 1

 

Formación de recursos humanos

Tesis terminadas

Maestría

  • Lic. Alma Celeste Castañeda Leautaud. Posgrado en Nanociencias, CICESE-UNAM. “Estudio de la dinámica molecular del complejo Clozapina-Receptor D2 para el diseño de un fármaco antipsicótico sin efectos cardiometabólicos adversos“. Ensenada, Baja California. 4 Mayo 2020.
  • Biol. Lizt Selene Sibila Osorio Pando. Posgrado en Nanociencias, CICESE-UNAM. Ensenada, Baja California. “Determinación del potencial oncogénico de algunas especies de VPH mediante el análisis in silico de la interacción entre las proteínas E6 y E6AP”. 12 septiembre 2018.

Tesis en proceso

Licenciatura

  • Lizbeth de los Santos Saldaña, Instituto Tecnológico de Xalapa. (Septiembre 2021).
  • María Itzel González Rodríguez, Instituto Tecnológico de Xalapa.(Septiembre 2021).
  • Cielo Domínguez Leal, Instituto Tecnológico de Xalapa. (Septiembre 2021).

Maestría

  • Ing. Javier Iván Wong Romero. “Análisis de la inmovilización de lacasa sobre soportes nanoestructurados basados en dióxido de silicio por medio de simulaciones moleculares”. Ensenada, Baja California. CICESE, Posgrado en Nanociencias. (inicio Enero 2021).
  • Biol. Luis Adrián Vargas Tapia. “Estudio de la interacción entre la proteína E7 del Virus del Papiloma Humano y Aptámeros para el diseño de biosensores y bionanovehículos”. Ensenada, Baja California. CICESE, Posgrado en Ciencias de la Vida. (Inicio Agosto 2020). 

Doctorado

  • M. en C. María Isabel Íñiguez Luna. “Análisis in silico de fenoles, como potenciales fármacos multidiana para el tratamiento de la enfermedad Alzheimer”. Universidad Veracruzana, Instituto de Ciencias Cerebrales, (Inicio Febrero 2019).
  • M. en C. David de Jesús de la Mora González. “Análisis in sílico de la dinámica molecular de mutaciones en el dominio de unión a ligando del receptor de andrógenos humano acoplado a 5α-dihidrotestosterona y flutamida”. Universidad Veracruzana, Instituto de Ciencias Cerebrales. (Inicio Febrero 2019).

  

Publicaciones

  • Lagunes-Castro, M. S.; Aguila, S.; Herrera-Covarrubias, D.; Hernandez-Aguilar, M.E.; Trigos, A.; Vidal-Limon, A*. and Suárez-Medellín J*. (2021). Structure based virtual screening of sterols and triterpenoids isolated from Ganoderma show differences in their affinity for human glucocorticoid and mineralocorticoid receptors. International Journal of Medicinal Mushrooms.
  • Muñoz-Fonseca, M.B.; Vidal-Limon, A.; Fernández- Pomares, C.; Rojas-Durán, F.; Hernández-Aguilar, M.E.; Espinoza, C.; Trigos, A. ; Suárez-Medellín J. (2020). Ergosterol exerts a differential effect on AR-dependent LNCaP and AR-independent DU-145 cancer cells. Natural Products Research. DOI: 10.1080/14786419.2020.1737054.
  • Santini, B. L.; Zúñiga-Bustos M.; Vidal-Limon, A.; Alderete, J. B.; Águila, S. A.; Jiménez, V. A. (2020). In Silico Design of Novel Mutant Anti-MUC1 Aptamers for Targeted Cancer Therapy. Journal of Chemical Information and Modeling. DOI:10.1021/acs.jcim.9b00756.
  • Meza-Menchaca T; Ramos-Ligonio A; Vidal-Limon, A.; Kaluzhskiy L; Shkel-Tvshkel TV; Strushkevich NV; Monteón A.; Jiménez-García LF; Agredano LT; Gallegos-García V; Suárez- Medellín J; Medina-De la Cruz O; Trigos-Landa, Á. (2019). Insights into ergosterol peroxide ́s trypanocidal. Biomolecules, 9, (9), 484. DOI:10.3390/biom9090484
  • Ricci-López, J; Vidal-Limon, A; Zuñiga, M; Jimenez, V. ; Alderete, J.B ; Brizuela, C; and Aguila, S. (2019). Molecular modeling simulation studies reveal new potential inhibitors against HPV E6 protein. Plos One, 14(3): e0213028. DOI: 10.1371/journal.pone.0213028.
  • Garcia–Garcia, W.I. ; Vidal-Limon, A. ; Arrocha–Arcos, A.A. ; Palomares, L.A. ; Ramirez, O.T. and Miranda–Hernández, M. (2019). Rotavirus VP6 protein as a bio-electrochemical scaffold: molecular dynamics and experimental electrochemistry. Bioelectrochemistry. 127:180-6. DOI: 10.1016/J.BIOELECHEM.2019.02.012
  • Cardoza-Contreras, M. N.; Vásquez-Gallegos, A.; Vidal-Limon, A. ; Romo-Herrera J. M; Águila, S.; Contreras O.E. (2019). Photocatalytic and Antimicrobial Properties of Ga Doped and Ag Doped ZnO Nanorods for Water Treatment. Catalyst. 9 ,165. DOI:10.3390/catal9020165
  • Belman-Rodriguez, C; Vidal-Limon, A.M.; Contreras, O.E. ; Oviedo, M. J.; Aguila, S. (2018). Synthesis and characterization of BGO with different chelating compounds by the polymeric precursor method, and their effect on luminescence properties. Ceramics International. 44(13) 15618-15621. DOI: 10.1016/j.ceramint.2018.05.229
  • Vidal-Limon, A.M.; Garcia S. P. C; Arellano-García, E; Contreras, O, E; Aguila, S.A. (2018). Enhanced Degradation of Pesticide Dichlorophen by Laccase Immobilized on Nanoporous Materials: A Cytotoxic and Molecular Simulation Investigation. Bioconjugate Chemistry. 29 (4) 1073-1080. DOI: 10.1021/acs.bioconjchem.7b00739
  • Vidal-Limon, A.M.; Tafoya, P; Santini, BL; Contreras, O.E.; Aguila S.A. (2017). Electron transfer pathways analysis of oxygen tolerant [NiFe]-hydrogenases for hydrogen production: A quantum mechanics/molecular mechanics – statistical coupled analysis. International Journal of Hydrogen Energy. 42(32) 20494-20502. DOI: 10.1016/j.ijhydene.2017.07.019
  • Vidal-Limon, A.M; Luna-Martínez, O.D.; Rojas-Durán, F; Meza- Menchaca, T.; Hernández- Aguilar, M.E.; Trigos, A.; Suárez- Medellín, J. (2017). Molecular Dynamics and Virtual Screening Analysis of Lanosterol Derivatives from Ganoderma spp. as Selective Ligands of Human Androgen Receptor. International Journal of Medicinal Mushrooms. ISSN 1521- 9437. DOI:10.1615/IntJMedMushrooms.2017021162
  • Alvarez-Guzmán, C.L.; Balderas-Hernández, V.E.; González-García, R. ;Ornelas- Salas, J.; Vidal-Limon, A.M.; Cisneros-de la Cueva, S.; De Leon-Rodriguez, A. (2017). Optimization of hydrogen production by the psychrophilic strain G088. International Journal of Hydrogen Energy. 42(6) 3630-3640. DOI: 10.1016/j.ijhydene.2016.08.098
  • Quiroz-Carranza, J. A.; Vidal-Limon, A.M ; Torres Torres, J. A. (2017). Generation Of Wood Dusts In Workshops Of The Violin Making School Of The National Institute Of Fine Arts And Literature, Mexico. [Generación de polvos de madera en talleres de la Escuela de Laudería del Instituto Nacional de Bellas Artes y Literatura, México]. Revista Internacional de Impacto Ambiental-UNAM, 1 (33). DOI: 10.20937/RICA.2017.33.01.06
  • Suárez-Medellín, J.; Meza-Menchaca, T.; Quiroz Carranza, J.A.; Trigos, A.; Vidal-Limon, A.M. (2016). In silico analysis of Lanostanoids isolated from Ganoderma mushrooms as potential ligands of vitamin D. International Journal of Medicinal Mushrooms. 18(11) 1037-1047. DOI: 10.1615/IntJMedMushrooms.v18.i11.80
  • Luna-Martínez, O.D.; Vidal-Limon, A.M.; Villalba-Velázquez, M.I.; Sánchez-Alcalá, R.; Ramón Garduño Juárez, R.; Vladimir N. Uversky, V. and Becerril-Luján, B. (2016). Simple Approach for Ranking Structure Determining Residues. Peer J. 4. e2136-e2159. DOI: 10.7717/peerj.2136
  • Vidal-Limon, A.M. ; Águila, S.; Ayala, M.; Batista, Cesar V. and Vazquez-Duhalt R. (2013). Peroxidase activity stabilization of cytochrome P450BM3 by rational analysis of intramolecular electron transfer. Journal of Inorganic Biochemistry. 122. 18–26. DOI: 10.1016/j.jinorgbio.2013.01.009
  • Aguila, S.; Vidal-Limon, A.M.; Alderete, J.B.; Sosa-Torres, M. And Vazquez-Duhalt, R. (2013). Unusual activation during peroxidase reaction of a cytochrome c variant. Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic, 85-86, 187-192. DOI: 10.1016/j.molcatb.2012.09.009

 

Capítulos en libros

  • “Design of Bioelectrochemical Interfaces Assisted by Molecular Dynamics Simulations”, Abraham Vidal-Limon; Guillermo Antonio Huerta-Miranda; Wendy I: García-García and Margarita Miranda. En “Homology Molecular Modeling - Perspectives and Applications”. (2020). IntechOpen. pp.17. DOI:10.5772/intechopen.93884
  • “Biotecnología y maderas”, Medel, R y Vidal Limón, A.M.en “Los Sonidos de la madera: Los árboles de México y su relación con la creación de instrumentos musicales tradicionales y clásicos”. (2015). Plaza y Valdés Editores. Joaquín Antonio Quiroz y Citlali Cantú Gutiérrez eds. ISBN 978-607-402-798-3. pp. 179. 
  • “Estudio del flujo electrónico durante la inactivación de enzimas con actividad peroxidasa”. (2015). Vidal-Limón, A.M. Editorial UNAM. Colección Ciencia Nueva: Doctorados en la UNAM. ISBN 978-607-02-6472-6. pp. 121.